- Söka efter ord
- Författarsökning
- Tidskriftsnamn
- Trunkering
- Söka en fras
- Kombinera sökord - Boolesk söklogik
- MeSH Ämnesordssökning
- Limits - Begränsa en sökning
- Preview/Index Förhandsgranska/Index
- History Sökhistorik
- Clinical Queries Kliniska frågor
Titta på/Skriva ut/Beställa referenser
Spara en sökning - "stående fråga"
Om PubMed
PubMed har utvecklats av National Center for Biotechnology Information (NCBI) vid National
Library of Medicine (NLM). På den svarta listen överst på sidan finns länkar till PubMed
och andra databaser från NCBI.
PubMed täcker medicin, omvårdnad, odontologi, veterinärmedicin,
hälso- och sjukvård samt de prekliniska ämnesområdena. PubMed innehåller mer än 4,600 biomedicinska
tidskrifter från USA och ett 70-tal andra länder.
In Process Citations
betyder att du kan hitta uppgifter om titel, författare, tidskrift m.m. men artikeln har ännu inte hunnit bli indexerad med MeSH-termer. Nya "in process records" läggs in i PubMed dagligen (Tisdag - Lördag) och visas alltid med tillägget [PubMed - in
process]. Nya artiklar som indexerats färdigt med MeSH termer, publikationstyp, GenBank accessionsnummer, och andra indexeringsdata läggs också in i basen tisdag - lördag. Dessa artiklar har beteckningen [PubMed - indexed for MEDLINE].
Publisher Supplied Citations
Tidskrifterna levererar nya artiklar direkt in i PubMed och dessa artiklar markeras i slutet av referensen med [PubMed - as supplied by publisher]. De flesta av dessa artiklar indexeras senare i PubMed. Dessa färska artiklar saknar alltså Mesh-termer men har länkar till den elektroniska versionen av tidskrifterna. Har biblioteket en prenumeration på tidskriften och Du är ansluten till GU eller om tidskriften är fritt tillgänglig kan Du via en klickning på tidskriftens namn läsa hela artikeln på skärmen!
Sökning i PubMed
Det lättaste sättet att söka i PubMed är att skriva in sina
sökord i den vita sökrutan och därefter trycka på Enter eller Go.
Sökfunktionerna under sökrutan ger ytterligare sökmöjligheter.
Ordsökning
Du kan skriva in ett eller flera ord (t.e.x. vitamin c common cold) i sökrutan. Du kan ändra Din
sökning genom att lägga till eller utesluta ord i sökrutan.
PubMed kombinerar automatiskt orden med (AND) men letar också rätt på de ämnesord s.k. MeSH-termer som
varje artikel i MEDLINE är indexerad med, s.k. "automatic term mapping".
Klicka på Details i menyraden under sökrutan så ser Du hur Din sökning har
utförs i PubMed.
Du kan också lägga till eller dra ifrån nya söktermer i sökrutan Du får upp
via Details!
Din sökterm kan förekomma varsomhelst i referensen t.e.x. i titeln, abstraktet, eller bland ämnesorden.
Vill Du att det ord Du söker skall stå t.ex. i titeln kan Du
använda Limit-funktionen.
Preview/Index
Använd Preview/Index för att se hur många gånger det ord Du söker efter förekommer i basen.
Du kan förflytta Dig upp och ner i listan som Du ser när Du söker via Index.
Markera önskad term och klicka därefter på AND, OR, NOT och den önskade termen flyttas till sökfönstret.
Därefter är det bara att trycka GO eller Enter så utförs sökningen.
Boolesk sökning
Om Du vill kombinera termer med
AND, OR, NOT, måste dessa skrivas med stora bokstäver!
T.e.x. vitamin c OR zinc.
Begränsning -Limit
Du kan begränsa Din sökning genom att använda Limit-funktionen i menyraden under sökrutan.
Du kan genom att klicka på Limits begränsa en sökning till en viss åldersgrupp, kön (gender),
human/animal, språk, artikeltyp t.ex. review=översiktsartikel. Det är också möjligt att begränsa
genom att specificera var i artikeln ett viss ord kan förekomma - "Field" - t.ex. i titeln.
Har Du lagt in en limit/begränsning, kommer Du att se en bock framför Limits i menyraden under sökrutan.
Vill Du ta bort en sådan begränsning=Limit är det bara att klicka bort bocken framför ordet
innan Du gör Din nästa sökning!
Sökning efter författare
Författare söker Du efter genom att skriva in efternamnet mellanslag förnamnsinitial
utan punkter eller kommatecken. t.ex. karlsson ja, svensson k. PubMed trunkerar automatiskt
författarens förnamn och söker även på dem som har ytterligare en initial.
Ex: smith j söker även efter smith ja, smith jb etc.
En bra hjälp att hitta författarnamn kan vara att använda Preview/Index.
Använd citattecken runt författarnamnet och skriv [au] efter om Du vill undvika den automatiska
trunkeringen. T.e.x. "smith j" [au].
Tidskrifters namn
Letar Du efter innehållet i en viss tidskrift kan Du endera skriva namnet i sin helhet t.e.x.,
molecular biology of the cell; eller den i MEDLINE förekommande förkortningen t.ex.
mol biol cell.
Den unika koden för tidskriften=ISSN nummer kan också användas. En särskild
sökfunktion Journal Browser finns
i PubMed. Här får Du också uppgift om förlag, editor etc.
Trunkering
Sätt en asterisk på slutet av ett ord för att söka alla ord med den angivna ordstammen oavsett
ändelse. T.e.x. bacter* kommer att hitta alla termer som börjar på detta sätt: bacteria, bacterium,
bacteriophage, etc. PubMed söker efter de första 150 variationerna av ett trunkerat ord.
OBS! Fraser som innehåller ett mellanrum kommer inte att inkluderas i sökningen
t.e.x., infection* inkluderar infections, men inte infection control.
Trunkering stänger av den automatiska länkningen till MeSH-termer.
T.ex. heart attack* kommer inte att hitta Myocardial Infarction eller
mer specifika MeSH-termer.
Mesh database är en databas över de kontrollerade ämnesord som särskilda indexerare lägger på
varje artikel som är med i Medline. Det finns nästan 22.000 MeSHtermer i systemet. Det enklaste sättet
att hitta dem är via
MeSH database som finns i PubMed.
Karolinska institutet har översatt dessa termer till svenska
i Svensk MeSH.
OBS! En sökning med MeSH-termer utesluter alla nya artiklar som ännu
inte hunnit bli indexerade!
Automatisk länkning av termer "Term Mapping"
Termer som skrivs in i sökrutan kontrolleras mot (i denna ordning)ämnesord
s.k. MeSHtermer (Medical Subject Headings), mot tidskriftslistan, en
s.k. "fraslista" dvs. en förteckning över logiska fraser - flerdelade sökord som är igenkända som
en vanligt förekommande kombination av ord.
Poison ivy, känns av PubMed igen som en fras, ett begrepp.
Ibland återfinns inte en sökt fras i PubMeds index och orden söks då ord för ord kombinerat med AND.
Single cell, är inte en fras i denna mening utan söks
"single" AND "cell".
Sätt " " runt frasen "single cell" och den exakta frasen söks!
OBS! Citattecken runt en fras gör att vissa sökalternativ stängs av!
Exempelvis en sökning efter "health planning" kommer att ta med den överordnade MeSH-termen
Health Planning, men inte de mer specifika MeSHtermerna, Health Care Rationing, Health Care Reform,
Health Plan Implementation etc.
History
PubMed håller ordning på Din sökning och Ditt sökresultat i History som finns i menyraden
under sökrutan. Här kan Du kombinera ihop olika sökningar genom att använda t.ex. #1 AND #2.
Naturligtvis kan Du också använda OR , NOT kombinationer. Kom ihåg att skriva dem med versaler!
Upp till 100 sökningar kan sparas. Maximalt kan Du "spara" Din sökning upp till en
timma efter avslutad sökning.
Clinical Queries - Kliniska frågor
Clinical Queries är ett särskilt frågeformulär för kliniskt inriktade frågeställningar. Du hittar en länk till formuläret i vänstra menyfältet i PubMed.
Här kan man begränsa sin sökfråga med hjälp av fyra olika kategorier;
Therapy, Diagnosis, Etiology och Prognosis.
Det ges också möjlighet att söka med "Sensitivity" som ger flest träffar men alla artiklar kommer inte att vara lika relevanta eller begränsa sökningen till
"Specificity"
som innebär ett färre antal men mer relevanta träffar.
Systematic Reviews är ett filter som ger översikter, metaanalyser, "reviews of clinical trials, evidence-based medicine, consensus, development conferences and guidelines".
Vill du inte använda formuläret för "Clinical Queries" kan Du söka via vanliga sökrutan i PubMed och själv begränsa din sökning till systematiska översikter genom att efter sökordet skriva AND systematic[sb]
Titta på/Skriva ut/Beställa en referens
Display
I menyraden under Limits/Preview/Index History/Clipboard/Details
återfinns "Display".
Här kan man byta utseende på referenserna/resultatlistan. Håll ner pilen till höger om "Summary" och välj ett annat format ur listan.
Citation-formatet visar t.ex. förutom uppgifter om tidskrift, författare och abstrakt även de MeSH-termer som artikeln indexerats med. (Gäller artiklar märkta med "[PubMed - indexed for MEDLINE]").
OBS! Artiklar som skall importeras in i ett referenssystem måste sparas i "MEDLINE"-format!
Tryck på knappen Display för att se artiklarna i det format som valts!
SEND to
SEND to Text skapar en textfil av referenserna. Denna fil kan t.ex. användas för utskrift av alla eller förkryssade referenser.
Send to File Skapar en fil på din dator som innehåller hela sökresultatet eller utvalda referenser på den egna datorn.
Send to E-mail Skickar hela sökresultatet eller utvalda referenser till din egen eller annan mottagres e-post.
Send to RSS Feed (Really Simple Syndication) är ett XML-baserat format. (För att läsa i RSS-format krävs att du har en RSS-läsare. Vissa webbläsare har RSS-funktioner inbyggda, till andra finns tillägg att ladda hem.
Det finns även fristående program, som enbart läser RSS, som du kan ladda hem och installera.)
SEND to Clipboard Clipboard gör det möjligt att tillfälligt lagra referenser som Du senare vill skriva ut
eller spara. Markera i rutan t.v. om referensen för att spara en referens och välj därefter alternativet Send to
Clipboard. Referensens nummer kommer nu att lysa grönt. När Du är klar med Dina sökningar kan Du
gå till Clipboard och där hitta sparade artiklar. Från Clipboard kan Du välja i vilket format
(abstract, Citation, MEDLINE) som Du vill spara/skriva ut Dina referenser.
Högst antalet referenser Du kan spara i Clipboard är 500 st.
OBS! Om Du vill spara referenser för att ladda in dem i ett referenshanteringssystem
måste Du använda Dig av MEDLINE-formatet när Du sparar referenserna.
Beställa kopior direkt via PubMed
SEND to ORDER ger möjlighet att direkt beställa önskade kopior från Göteborgs universitetsbibliotek, Biomedicinska biblioteket i Göteborg, Karolinska institutets bibliotek i Stockholm, Linköpings universitetsbibliotek, Hälsouniversitetets bibliotek, Umeå universitetsbibliotek eller Uppsala universitetsbibliotek, Medicinska biblioteket. För att hitta orderfunktionen till de svenska biblioteket krävs en särskild adress till PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?tool=karolinska. När denna adress till PubMed är vald kommer Orderfunktionen automatiskt att gå till de svenska biblioteken. Referenserna kommer automatiskt att skickas iväg som beställning men måste förstås kompletteras med beställarens namn, adress och e-post samt fakturaadress.
Spara sökningar
Spara en sökning från "Details"
Tryck på knappen "Details". Du får nu upp ett fönster som visar hur Din sökning har
utförts. Använd URL-knappen under det vita fönstret för att ge Din sökning en unik www-adress.
Denna nya adress kan sparas som ett bokmärke i Din webbläsare.
Denna funktion använder s.k. cookies så Din webbläsare måste acceptera "cookies".
My NCBI
För att kunna utnyttja My NCBI måste Du registrera Dig för denna tjänst.
Klicka på "My NCBI" i övre vänstra hörnet av PubMed.
Du får nu upp ett formulär där Du anger personligt ID och lösenord. När Du registrerat Dig är det
lätt att från vilken dator som helst anropa Dina egna sparade sökningar och att uppdatera dem!
Via My NCBI kan du också få "e-mail alerts" dvs e-post meddelande när nya referenser läggs in som svarar mot din sparade sökning.
Spara en sökning i My NCBI
När Du är klar med Din sökning i PubMed tryck på Save Search.
Du får då upp en sökruta där Din senaste sökning är inskriven. Du kan ändra namnet på sökningen om
Du vill. Klicka därefter på "Store In My NCBI".
Upp till 100 sökningar kan sparas och det
finns ingen tidsbegränsning hur länge de sparade sökningarna får behållas.
Uppdatera sökningar sparade i My NCBI - Saved Searches
Logga in i My NCBI och välj i vänstermenyn Saved Searches. Du får nu upp en lista över de sökningar Du tidigare
sparat. Markera i rutan framför Din sparade sökning och tryck därefter på "What's New for Selected".
Nu får Du fram en siffra över hur många nya referenser som tillkommit i PubMed efter det att Du senast
uppdaterade sökningen. Klicka # new för att se de nya referenserna.
Om Du i stället klickar på namnet på Din sparade sökning görs hela sökningen om på
nytt i PubMed.
Du kan också välja "Schedule" hur ofta du vill ha information om nya referenser!
Har du angivit en e-post kommer det ett brev som innehåller de nya artiklar som lagts in i PubMed.
Det går också att lägga egna filter som sorterar upp de erhållna referenserna så att man t.ex. lätt kan se antalet
översiktsartiklar eller artiklar med abstract.
All information om PubMed finns nu som en e-bok, dvs varje ord i hjälptexten är sökbart. PubMed help